Os recursos do CEDIR são provenientes do orçamento de Estado (OE), através da Universidade Eduardo Mondlane (UEM), e do financiamento externo (parceiros internacionais). O Centro esta a desenvolver formas de se gerarem recursos financeiros a partir das atividades próprias do Centro, por forma a diminuir a dependência externa, aspeto considerado de vital importância para a sua sustentabilidade e continuidade no futuro.